La capoeira est née des souffrances endurées par les esclaves au temps de la traite négrière au XVIème siècle. Elle est issue d'un mélange culturel mis en place par le transfert de populations africaines vers le Brésil, et plus exactement à Salvador de Bahia au nord-est du Brésil. Certains historiens font le rapprochement avec la danse du n'golo (danse du zèbre) pratiquée en Angola par le peuple bantous durant la fête de puberté des jeunes filles. C'est une forme de lutte de pieds, que l'on retrouve dans le sport.
Le terme « capoeira » est originaire du dialecte indien des Tupi-Guarani. Il définit cette « herbe rase » qui poussait sur ces forêts rasées destinées à l'exploitation des terres où travaillaient les esclaves. Cette population victime d'une émigration forcée pratiquait durant ses seuls moments de repos, autorisés en début de soirée, différents types de danses. Les arts de combat étaient judicieusement cachés dans des danses traditionnelles lentes pratiquées sur des airs joués par des instruments comme le berimbau (qui s'apparente au m'bolumbumba du sud-est de l'Afrique). Ces danses dissimulant en fait des techniques de combat dangereuses ont été utilisées par de nombreux esclaves pour s'échapper du domaine de leur maître. L'art de la capoeira a ensuite été diffusée à d'autres terres coloniales.
L'utilisation de la capoeira reste mal perçue par les autorités brésiliennes même après l'abolition de l'esclavage en 1888. Des bandes organisées ont subsisté et ont été à l'origine de nombreux actes de délinquance nés de réponses aux attaques racistes, jusqu'à la pénalisation de la capoeira en 1890. Ce sport se fait dans le secret et chaque capoeiriste se donne un surnom pour ne pas se faire remarquer par les autorités.
Lors de l’accession au pouvoir en 1930 du président Getulio Vargas, le crime de capoeira est aboli en 1932. Alors, deux écoles vont se former autour de deux grandes figures que sont Mestre Bimba et Mestre Pastinha. Le premier crée en 1937 sa propre institution à Salvador de Bahia, grâce au soutien d'intellectuels et de personnalités politiques. Ce sont les débuts de la « capoeira regional », une pratique plus acrobatique basée sur des règles et influencée par d'autres arts martiaux (comme la boxe et le jiu-jitsu), dans le but d'assainir l'image péjorative du sport. Puis le deuxième, Mestre Pastinha met en place en 1941 la « capoeira angola », avec un retour aux origines en utilisant ces danses plus lentes utilisées à l'époque de l'esclavage pour endormir les maîtres.
La capoeira, c'est aussi et avant tout une culture. Avec des histoires tirées des cicatrices de l'esclavage, des chants relatant les récits de la discipline et ses valeurs, des instruments accordés sur un même rythme sur lequel les « joueurs » entreprennent de « dialoguer sans parler ». C'est le résultat d'un mélange de différentes danses et luttes africaines, et d'une idéologie utilisant la ruse et la créativité pour permettre au plus faible de gagner sur le plus fort.
En 1953, avec la présentation médiatique du mouvement, la capoeira se diffuse dans tous les Etats du Brésil. Puis les années 1970 et 1980 seront la période de l'expansion mondiale du sport au moment du renouveau de la conscience noire post-coloniale et le mouvement des droits civiques. Des groupes majeurs comme Senzala et Abada traverseront le monde pour enseigner la discipline sur d'autres continents. La capoeira fait son entrée dans la patrimoine culturel du Brésil en 2008.
Aujourd'hui la capoeira est considérée comme un échappatoire à la violence et fait partie intégrante de la culture brésilienne, occupant la deuxième place après le foot. Plus de 10 millions de personnes la pratiquent dans plus de 150 pays à l'heure actuelle.